MySQL позволяет для каждой конкретной таблицы указать её тип, т.е. технический способ хранения и работы с данными таблицы. Типов таблиц десяток, если не больше, однако, в 99% случаев используются следующие типы, которые являются традиционными типами хранения обычных таблиц на диске сервера:
Существует также специальный тип Heap, который на диске не хранится, данные такой таблицы живут только во время жизни сервера.
MySQL 3 и 4 предлагают только myISAM. В mysql 5-й версии по умолчанию установлено создание таблиц формата InnoDB, однако, большинство популярных продуктов самостоятельно инструктируют сервер создавать таблицы myISAM. Не нужно вмешиваться в предпочтения конкретного продукта.
В случае, если выбор придется сделать именно вам, можно уверенно сказать, что в настоящее время теоретический выбор сделать крайне сложно. InnoDB – прогрессивный и единственный актуально поддерживаемый, но несколько тяжеловесный формат. MyISAM – легкий и удачный, проверенный временем формат, но он практически не поддерживается командой разработки и содержит ряд принципиальных недочетов, которые никогда уже не будут исправлены. Делайте выбор на основе требуемой вам функциональности.
Что касается скорости, то работа обычного абстрактного веб-приложения с myISAM обычно быстрее, т.к. таблицы занимают меньше места и для работы с приложением требуется меньше дисковой активности, что очень важно в условиях виртуального хостинга.