У такого поведения есть две популярные проблемы.
1) У вас выбрана неправильная версия PHP. Посмотрите раздел "полный список функций", "управление сайтами и серверами", чтобы выбрать правильную.
2) Ваш сайт взломан, и в PHP файлах у вас уже просто какой-то мусор. Посмотрите файлы глазами, на предмет лишних команд типа eval() и аналогичных.